تعتمد المؤسسة ببرامجها التأهيلية والتدريبية علي أحدث الدراسات والابحاث العلمية المتخصصة لذلك حرصت علي وجود مركزا متكاملا لتأهيل ذوى الإعاقة الموجودين مع أسرهم الغير قادرين ماديا بشكل مجاني ، بعض الانشطة التي يقوم بها مركز التأهيل بمؤسسة السندس للايتام المعاقين : (تأهيل نفسي – تخاطب تعديل سلوك تنمية المهارات – اختبار ذكاء…..) ، تشمل اساتذة الجامعه والأطباء النفسيين والاخصائيين النفسيين وأطباء وأخصائيين التخاطب والذين من خلالهم يتم تقييم القدرات المعرفية والقدرات الذهنيه والمهارات السلوكية واللغوية المختلفة لأطفالنا ذوى الاعاقة ووضع البرامج المختلفة لتعديل السلوك وتنمية المهارات المختلفة وذلك حتى يمكننا تقييم ووضع برامج لهم تنمى مهاراتهم من تخاطب – تنميه المهارات ـ تعديل السلوك – منتسورى – العلاج الطبيعى وعلاج امراض التخاطب المختلفه من خلال الجلسات الفردية والجماعية بأستخدام الوسائل المختلفة من كمبيوتر وغيره لتأهيلهم نفسيا واجتماعيا